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## 背景：
基因集富集分析
### https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/fgsea/inst/doc/fgsea-tutorial.html
rm(list = ls())
library(fgsea)
library(data.table)
library(ggplot2)
data(examplePathways)
data(exampleRanks)
set.seed(42)
fgseaRes <- fgsea(pathways = examplePa...rm(list = ls())
#################################################
exprSet <- read.table("data/GSE42872_series_matrix.txt.gz",
comment.char = "!",
stringsAsFactors = F,
header = T)
### 第一...背景资料
# https://mp.weixin.qq.com/s/a3y46NNNO-wardO3XWwh0w
流程：
1. 参考基因组、基因注释文件 下载
2. 质控，需要fastqc及multiqc等
3. 比对：hisat2
4. 计数和归一化
5. 差异分析
流程参考：https://f1000research.com/articles/4-1070/v1
step1:
cat SRR_Acc_List.txt |while read id ;do (prefetch ${id} &);done
ls /public/project/...