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宏基因组探究


宏基因组

1.数据库下载

## nt和nr库
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/
https://nmdc.cn/datadownload

2.宏基因组分析

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##三代纳米孔宏基因组分析               #
#  1 纳米孔测序数据处理    #
cp -r /TestDatas/nanopore8/data/fast5_files...

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微生物之16S分析流程


16S扩增子分析

背景

16S 选择测序区域 V3+V4
ITS测序主要是针对真菌多样性的研究,注释准确度高;
18S测序针对的是真核微生物,注释到的范围广,但是就真菌来说精确度相对较低

流程

1.原始数据到OTU表格
# 双端测序数据合并
# Barcode  引物去除
# 去除嵌合体序列 
# 聚类生成OUT
# 物种注释
# OTU 过滤
# 数据标准化
OTU是人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设置的同一标志。
要了解一个样品测序结果中的菌种、菌属等数目信息,
就需要对序列进行聚类操作(cluster)。通过聚类操作,将
序列按照彼此的相似性分归为许多小组,一个小组...

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